超声波清洗机利用超声波发生器发出的交叉频率信号，通过传感器转换成交叉频率机械振荡，并传播到介质 --- 清洗液，强超声波以清洁液中的浓密和相间的形式辐射到被清洗的物体。发生 “气蚀” 现象，即清洁液中以 “气泡” 的形式出现破裂现象。当 “空化” 到达被清洗物体表面的瞬间，达到远远超过1000大气压的冲击力，导致表面、孔、污垢中的缝隙被分散、开裂和剥落，使物体净化和清洁从而达到清洗的目的。
超声波细胞破碎仪的工作原理是基于超声波在液体中的空化作用。传感器利用电能通过喇叭在工具头顶部的液体中产生高强度剪切力，形成高频交替水压以扩大空腔，爆炸打碎了牢房。另一方面，由于超声波在液体中传播时的剧烈干扰，粒子产生很大的加速度，相互碰撞或与墙壁碰撞并破裂。两者的主要区别在于：
超声波清洗机和超声波细胞破碎仪的主要原理是相同的。主要区别在于超声波细胞破碎仪将所有能量集中在探头上，超声波清洗机的能量均匀分布在清洗槽的底部。因此，超声波清洗机更倾向于脱气和清洗，超声波细胞破碎仪倾向于细胞破碎、乳化和均匀化。
由此看出，超声波清洗机是适合物体表面清洗的一种机器。超声波破碎仪适合细胞内部的作用，两者存在本质的区别。
